Flere apesamfunn har vokst fram etter at Caesar brakte dem til en oase, mens menneskene har blitt fordrevet. Noen apegrupper har aldri hørt om Caesar, mens andre har forvrengt læren hans for å bygge egne imperier. Den unge apen Noa legger ut på en reise for å finne frihet etter at klanen hans blir tatt av apelederen Proximus Ceasar for å bruke dem som slaver i jakt på menneskelig teknologi. Noa begynner å stille spørsmål om apenes tilværelse etter at han møter en ung kvinne som viser seg å holde hemmeligheter om menneskelig teknologi. Hun blir nøkkelen til det Proximus Caesar leter etter.